Для этого нужна усиленная квалифицированная электронная подпись.
ФНС сообщила, что физлица и юрлица могут письменно обжаловать решения регистрирующих органов о госрегистрации или об отказе в ней, а также решения вышестоящих органов по результатам рассмотрения жалоб.
На бумаге жалоба подается лично или по почте. Также можно направить свой "протест" онлайн через сервис "Обратиться в ФНС России" или через личный кабинет, подписав электронной подписью (ЭП).
Закон 129-ФЗ (о госрегистрации) не предусматривают подписание жалобы простой или неквалифицированной ЭП. Таким образом, жалоба в форме электронного документа должна быть подписана только усиленной квалифицированной ЭП заявителя.
Источник: Audit-it.ru